一、庆功宴后的野心火苗
论文见刊那天,302实验室罕见地提前下了班。林卷卷抱着刚打印出来的论文单行本,非要拉着江砚去学校门口的麻辣烫店“庆功”。
“江博士,你看这红汤多像我们飙升的影响因子!”林卷卷举着筷子,把一串鱼丸浸在滚烫的红油里,“二区顶刊只是开胃菜,下次我们直接上CNS豪华套餐!”
江砚看着她被辣得通红的鼻尖,默默递过一杯冰可乐:“先吃你的鱼丸。”他嘴上波澜不惊,指尖却在桌下摩挲着手机——屏幕上是Nature最新一期的目录,其中一篇关于单细胞空间转录组的论文,被他标了三个醒目的红圈。
“说真的,”林卷卷吸溜着面条,突然正经起来,“Dragon-Seq 2.0虽然牛,但总觉得还差口气。就像打游戏通关了普通难度,不试试地狱模式怎么甘心?”
江砚抬眼,眼底闪过一丝笑意:“如果我说,有个方向可能颠覆现有单细胞分析的范式,难度系数堪比同时解十道NP难题,你敢不敢接?”
“接!”林卷卷想都没想就拍了桌子,麻辣烫的汤汁溅到白大褂上也毫不在意,“只要能发Nature,别说NP难题,让我给测序仪唱《征服》都行!”
那天晚上,两人踩着月光走回实验室。林卷卷拿着根树枝当剑,边比划边喊:“Nature副本,我林卷卷来啦!小怪们接招!”江砚跟在她身后,听着她把顶级期刊比作游戏副本,突然觉得那座遥不可及的学术高峰,似乎也没那么陡峭了。
二、实验室黑板上的狂想曲
第二天一早,林卷卷刚冲进实验室,就被黑板上的内容惊得差点咬掉舌头。
原本干净的黑板上,被江砚用白色粉笔写满了公式和示意图:从单细胞测序数据的时间序列建模,到空间位置信息的整合算法,再到与蛋白质互作网络的动态关联……最后用红色粉笔圈出三个大字:时空图谱。
“这、这是……”林卷卷指着黑板,结结巴巴地说不出话。
“单细胞时空动态图谱。”江砚擦了擦手上的粉笔灰,语气平静得像在说今天的天气,“现有技术能测单细胞的基因表达,能看空间位置,却没法把时间维度加进去——细胞是怎么从胚胎干细胞分化成神经细胞的?肿瘤细胞在体内迁移时基因表达如何变化?这些动态过程,我们现在只能靠推测。”
他拿起粉笔,在“时空图谱”旁边画了个简单的坐标轴:“横轴是空间位置,纵轴是基因表达,第三轴是时间。我们要做的,就是用算法给细胞‘拍电影’,让它的每一个变化都无所遁形。”
林卷卷的眼睛越睁越大,手里的早餐面包“啪嗒”掉在地上:“这、这要是做出来,岂不是能直接看到细胞的‘前世今生’?”
“不止。”江砚的指尖点在黑板上的一个节点,“如果能实现,癌症转移机制、胚胎发育奥秘、甚至神经退行性疾病的病程进展,都可能被重新定义。”
林卷卷突然扑到黑板前,拿起红色粉笔在“时空图谱”下方画了个大大的游戏手柄,旁边写着:SCI大富翁之Nature副本开荒计划——主线任务:解锁细胞时空密码。
“江博士,”她转过身,眼睛亮得像藏了整片星空,“这副本,我跟你刷了!”
江砚看着黑板上严肃的科学构想和幼稚的游戏涂鸦奇妙共存,嘴角的弧度再也藏不住。他拿起黑板擦,却没有擦掉那个游戏手柄,只是轻声说:“先说好,这个副本的BOSS比你想象的难打。”
三、第一关:数据海啸与代码防线
开荒计划启动的第一周,林卷卷就体会到了“Nature副本”的下马威——数据量。
为了构建时空图谱,他们需要整合三种数据:单细胞测序的基因表达矩阵(动辄几十GB)、空间转录组的位置信息(三维坐标点云数据)、以及显微镜拍摄的时间序列影像(每小时产生200GB原始数据)。
“这哪是数据啊,这是海啸!”林卷卷盯着服务器的存储容量报警界面,哀嚎着瘫在椅子上,“我们现有的算力,处理这些数据就像用算盘解微积分!”
江砚正在调试新到的超算节点,闻言回头:“我申请了学校的GPU集群资源,但调度优先级不够。需要优化算法,把数据压缩到现有算力能啃得动的程度。”
“压缩?”林卷卷突然坐直,眼睛一转,“有了!我可以用Transformer模型做特征提取,就像给数据‘脱水’!保留精华,丢掉杂质!”
她扑到电脑前,手指在键盘上翻飞,屏幕上跳出一行行代码:“你看,把基因表达矩阵当成‘文本’,空间位置当‘上下文’,时间序列当‘语序’……说不定能训练出个‘细胞语言翻译器’!”
江砚凑过去看,发现她竟把自然语言处理的思路嫁接到了生物数据上。那些原本杂乱无章的数据,在她的算法里被赋予了“语义”,冗余信息被精准剔除,数据量瞬间压缩到原来的1/5。
“逻辑……居然能自洽。”江砚难得没吐槽,指尖轻轻点在屏幕上的一个函数,“这里加个注意力掩码,让模型更关注时间维度的变化。”
林卷卷立刻照做,代码运行的进度条飞速推进。当最终的压缩率显示为19.7%时,两人对视一眼,都从对方眼里看到了兴奋。
“第一关,通关!”林卷卷比了个胜利手势,突然想起什么,“对了,这模型叫什么名字好?‘细胞压缩饼干’?还是‘时空脱水机’?”
江砚:“……叫‘Temporal-Seq’。”
四、阎王爷的冷嘲与内部的热望
他们要冲击Nature的消息,不知怎么传到了阎正明耳朵里。某天组会结束,阎正明特意路过302实验室,阴阳怪气地敲了敲门框。
“小江啊,有志向是好的,但也别好高骛远。”他瞥了眼黑板上的“时空图谱”,嘴角撇出一丝嘲讽,“Nature可不是二区期刊,不是靠点小聪明就能混进去的。”
赵宇跟在后面,假惺惺地附和:“就是啊江师弟,听说你们连超算资源都申请不到?要不我跟阎老师说说,把我们组淘汰的旧服务器借给你们?”
林卷卷正调试着算法,闻言直接怼回去:“旧服务器就留给赵师兄当游戏***,我们的代码怕它跑起来自燃。”
江砚按住想冲上去理论的林卷卷,对阎正明说:“多谢导师关心,我们会按计划推进。”
阎正明见没讨到便宜,悻悻地走了。林卷卷气得直跺脚:“他分明就是怕我们超过他!”
“所以才要更努力。”江砚打开数据文件夹,“你看,张院士把他珍藏的小鼠胚胎发育数据集借给我们了。”
林卷卷凑过去,看到文件夹里的实验记录密密麻麻,标注着“2010-2023”:“张院士也太给力了吧!”
“他说,”江砚顿了顿,语气里带着不易察觉的郑重,“龙腾大学该有篇能让世界记住的Nature了。”
那天下午,计算机系的教授听说了他们的计划,主动派来两个博士生帮忙优化代码;生科院的技术员偷偷塞给林卷卷一把细胞房的备用钥匙:“凌晨三点的显微镜没人抢,你们尽管用。”
实验室的黑板上,除了“时空图谱”,渐渐多了些歪歪扭扭的留言:
“加油!等你们上Nature封面!”(来自隔壁实验室的师妹)
“代码有bug可以找我,免费!”(计算机系学霸)
“这是我珍藏的***片,熬夜必备!”(某不知名的热心同学)
林卷卷看着那些暖心的字迹,突然觉得,这场Nature副本的开荒,他们不是孤军奋战。
五、深夜的泡面与星空
为了赶在国际单细胞大会前拿出初步成果,两人几乎住在了实验室。凌晨三点的302,永远亮着两盏灯:江砚那边是显微镜的冷光,林卷卷这边是电脑屏幕的蓝光。
某个深夜,林卷卷的代码突然跑出一组奇怪的结果——小鼠胚胎干细胞在分化过程中,某个基因的表达模式呈现出周期性波动,像一串神秘的密码。
“江博士!你快看这个!”她举着电脑冲到细胞房,江砚正在给样本染色,闻言立刻放下移液枪。
屏幕上的折线图像跳动的心脏,在时间轴上画出优美的正弦曲线。江砚的呼吸瞬间屏住:“这是……生物钟基因?在单细胞水平上居然能观测到这么规律的波动?”
“不止呢!”林卷卷调出空间分布图,“你看它的表达位置,随着时间推移在细胞内移动,像在跳某种舞蹈!”
两人对着那组数据研究了整整三个小时,直到窗外泛起鱼肚白才意识到饿。林卷卷从抽屉里翻出最后两桶泡面,用烧杯煮了开水。
“江博士,你说我们能成功吗?”她***泡面,突然有点忐忑,“Nature那么难,万一……”
“没有万一。”江砚打断她,把自己碗里的鸡蛋夹给她,“你的代码能跑,我的实验数据可靠,剩下的交给科学本身。”
林卷卷看着他认真的侧脸,突然笑了:“对!代码能跑就是胜利!就算这次不行,我们再改再试,总有一天能把‘时空图谱’敲进Nature的接收列表!”
那天清晨,他们并肩站在实验室的窗边,看着第一缕阳光照在“时空图谱”的黑板上。林卷卷掏出手机,拍下这一幕,设成了屏保。
“Nature副本开荒日志,Day 15。”她在朋友圈写下这句话,配了张泡面和黑板的合影,“BOSS很凶,但我们的装备也在升级。冲!”
江砚刷到这条朋友圈时,正在调试显微镜。他犹豫了几秒,点了个赞,然后把自己的手机屏保,换成了那张林卷卷趴在桌上睡颜的照片。
Nature之路注定布满荆棘,但此刻的302实验室里,野心与信任正在悄悄发酵,像培养基里悄然生长的细胞,终将绽放出惊人的力量。